Guides How To Use PubCaseFinder
Overview
PubCaseFinderは、希少・遺伝性疾患の医療および研究を支援する3つのウェブサービスの総称です:DiseaseSearch、CaseSharing、およびPanelSearch。
私たちの長期的なミッションは、臨床遺伝専門医やその他の医療専門家が必要な情報に迅速かつ正確にアクセスできるようにシステムとデータベースを構築し、世界中のすべての希少・遺伝性疾患の症例を検索可能にすることです。
免責事項
本サービスは医学的判断に使用しない情報提供を目的とした、医学教科書その他参考資料を参照するための検索を行うプログラムです。薬機法に基づく承認を受けた医療機器ではないため、検索の結果についてはそのことを考慮に入れて使用してください。本サービスが提供する疾患リストまたそれに付随する情報は、全希少・遺伝性疾患の一部の情報であることに注意してください。本サービスを用いて医師の助言なしに医学的判断を下すべきではありません。本サービスは検索システムとして誠実にデータを提供しますが、データの正確性、臨床的妥当性または有用性を検証することはありません。DBCLSは、明示的にも黙示的にも、データの使用に関して、法的責任を含む一切の責任を負うものではありません。データを商用利用する場合は、ソースのライセンスを参照し,商用利用の範囲を確認してください。DBCLSは、本サービスの変更、中断、または終了により被った損害に関しても、一切の責任を負うものではありません。また、DBCLSサイトのサイトポリシー内「免責事項」にも準ずるものとします。
Beginner's Guide
DiseaseSearch
YouTube動画でPubCaseFinderの使い方を簡単に確認できます。
検索クエリを入力
検索ボックスに患者の兆候および症状を入力します。兆候・症状を詳しく入力すると、よりよいランキング結果を得ることができます。そのため、PubCaseFinderは兆候・症状を簡単に入力するための機能をいくつか提供しています。
結果
入力した兆候・症状と関連性が高い順に希少疾患、遺伝性疾患、疾患原因遺伝子、類似症例がランキング提示されます.
兆候・症状の階層情報を表示
入力した兆候・症状について、より具体的な兆候・症状やそれらをまとめる兆候・症状を簡単に確認でき、また置き換えることも可能です。以下に、'small
head'と入力して'microcephaly'を検索し、'microcephaly'パネルをクリックすることで、その具体的な兆候・症状を確認することができ、その中の'congenital
microcephaly'と置き換える例を示します。
検索結果をフィルタリング
Filterボックスに疾患原因遺伝子、遺伝形式、疾患名を入力することができ、それらと関連する結果のみにフィルタリングすることが出来ます。疾患名を入力した場合は、その疾患のサブタイプとなる疾患群も全てフィルタリングされます。遺伝形式も同様です。本Filterは、論理演算子のAND、OR、NOTをサポートしています。以下にフィルタリングの例を示します。まず、常染色体顕性遺伝(autosomal
dominant inheritance)を入力することで、ランキングを7,848件から3,328件にフィルタリングします。次に自己免疫疾患(autoimmune
disease)を入力し、論理演算子をANDに変更することで、ランキングを30件にフィルタリング出来ます。
検索結果をダウンロード・共有
検索結果をTSVもしくはJSON形式でダウンロード出来ます。また、結果を共有するためのリンクを得ることも出来ます。
CaseSharing
本サービスは、希少・遺伝性疾患の症例情報を、ご自身のローカル PC で管理し、さらに世界各地のユーザと円滑に共有できるよう設計されています。
登録不要、すぐに利用可能です
ユーザ登録は不要で、すぐに利用を始められるサービスです。
データはローカル PC で管理できます 保存した症例情報は公開されません
CaseSharing で管理する症例情報はクラウドではなく、ご自身のローカル PC にファイルとして保存されます。インターネット上に情報を送信しない、安全な仕組みとなっています。
共有・コラボレーションを促進
症例情報は、国際的な相互運用性を考慮して設計された Phenopackets 形式で出力できるため、国内外の研究者や医療従事者、さらには各種臨床・研究データベースとの円滑な連携が可能です。 また、英語、日本語、韓国語に対応しており、世界各地のユーザとの情報共有もスムーズになります。
ミッション
CaseSharing をご利用いただくことで、医療関係者のデータ管理を支援し、将来的にはより円滑な情報共有を促進することを目指しています。長期的なミッションは、希少・遺伝性疾患に関わる「地球上のすべての症例」を検索可能にすることです。
CaseSharingでデータ管理の環境向上
Picup家系図を自動生成
家族IDを元に、家系図を自動で生成します。JSON、SVG、PNGでの書き出しにも対応しています。

Picup統計情報チャートを自動生成
データ全体の統計情報をいつでも簡単に閲覧できます。

Picup一覧画から簡単一括編集
一覧画面からでも、一括変更など様々な編集が可能です。

ご利用案内
サンプルデータで使用イメージをつかむ
サンプルデータをこちらからダウンロードできます。
casesharing_sample_(日時).jsonという名称のファイルがサンプルデータです。
ご自身のPCにダウンロードしたサンプルデータを、Cases画面(最初に表示される一覧画面)の[File open]から読み込んで、使用のイメージをご確認いただけます。
初めての方は、まずこちらをお試しいただくとよりスムーズにご利用いただけます。

症例を追加・編集する
追加・削除
[Cases]画面(最初に表示される一覧画面)から、空欄の症例を追加・削除ができます。

複製
詳細画面の[Copy]から、症例の複製ができます。

詳細情報を記録する
それぞれ個別に、症例基本情報、診察、表現型、遺伝型、家系、検体・検査、登録の各項目の詳細情報を個別に記録できます。

一覧を編集する
一覧では多数の編集やカスタマイズが可能です。
一覧のカラムから直に入力・編集可能

項目の列を一度に変更

項目の列の順番を入れ替え

一覧で表示する項目の表示・非表示を変更

新規の項目を作成

項目の行をソート並び替え

症例行の順番を入れ替え

保存・読み込み・結合
症例情報の保存・読み込み
[File save]で情報を保存します。「patients_(日時).json」ファイルが自身のPCにダウンロードされます。次回読み込みの際には、[File open]から「patients_(日時).json」ファイルを読み込んでください。
症例情報を結合
複数の症例情報ファイルを結合することができます。ファイルを開いた状態で[File merge]をクリックし、別の症例情報ファイルを追加すると、現在開いている情報の下に新しく追加される形で結合します。

臨床症状を登録
[詳細情報]>[表現型]のセクションで、臨床症状の詳細を記録できます。

家系図を自動生成
[詳細情報]>[家系]>[家系図]のセクションで、続柄を元にした家系図が自動生成されます。

統計情報チャートを自動生成
[Stats]から、登録した症例情報の統計を確認できます。

PanelSearch
本サービスは、ヒトの約1万の希少・遺伝性疾患に関連する遺伝子パネルデータを多様な形で検索し、検索結果のデータをダウンロードすることができます。
多様な方法で、目的の遺伝子パネルデータを検索できます
疾患名の一部や遺伝子名、カテゴリーごとの分類など、複数の検索方法により効率的に遺伝子パネルデータを見つけられるサービスです。
遺伝子パネルデータをダウンロードできます
希少・遺伝性疾患に関連する個々の遺伝子パネルデータのダウンロード、9,998件の全遺伝子パネルデータのダウンロードができます。
ゲノム配列の効率的な臨床的解釈に役立てることができます
国際的な公共データベースに基づき、疾患グループの遺伝子パネルデータを構築しています
PanelSearchは、希少・遺伝性疾患名の語彙集であるMonarch Disease Ontology(Mondo)をベースに、それぞれの疾患に対する疾患原因遺伝子を、国際的に主要な公共データベースであるMedGen、Opharnet、GenCCなどのリソースから自動取得しています
PanelSearchの便利な機能をPickup
PicupPanelSearchの検索方法は3種類
「遺伝子パネル名」「遺伝子名」「カテゴリーで分類された遺伝子パネルツリー構造」から検索することができます。

Picup検索結果から、関連ツリーの表示
検索結果から、ツリー中の該当パネルの位置を表示することができます。

Picup9,998件の全遺伝子パネルデータのダウンロード
全ての遺伝子パネルデータの一括ダウンロードができます。

ご利用案内
3種類の検索方法
Panel検索
遺伝子パネル名から検索
入力したキーワードに関する遺伝子パネルを一覧表示します。

Gene検索
遺伝子名から検索
入力した遺伝子が含まれる遺伝子パネルを一覧表示します。遺伝子名をスペースで区切ることで、複数の遺伝子を組み合わせた検索が可能です。

Tree検索
カテゴリーで分類された遺伝子パネルツリー構造からの検索
カテゴリーで分類された遺伝子パネルツリー構造から、目的の遺伝子パネルを探し出すことができます。

遺伝子リストの表示
遺伝子パネルの個別表示の、[Genes + Show]から、遺伝子リストを表示できます。

全遺伝子パネルデータの一括ダウンロード
9,998件の全ての遺伝子パネルデータを一括ダウンロードできます。

個別の遺伝子パネルデータのダウンロード
個別の遺伝子パネルデータをtxt.形式でダウンロードすることができます。

遺伝子パネル情報のコピー
ボタンクリックで簡単に、遺伝子パネル情報をクリップボードにコピーして、ご自身のパソコン内のデータにペーストすることができます。

検索結果から関連するカテゴリーツリーを表示
検索結果の遺伝子パネルの個別表示から、ツリーの中での、該当パネルの位置を表示することができます。

表示履歴を簡単に確認
元に戻す、やり直すの機能を使って、表示履歴を自由に行き来できます。
